Sistem penjaminan mutu Prodi mengacu pada pedoman kendali mutu akademik (Dokumen prosedur pelaksanaan, evaluasi dan tindak lanjut SPM), standar mutu ( dokumen kriteria dan ukuran tentang mutu), prosedur mutu (SOP), instruksi kerja (dokumen petunjuk kerja) dan borang pendukung mutu. Prodi Kedokteran Universitas Pendidikan Ganesha mensyaratkan pengelolaan pendidikan yang senantiasa berorientasi pada peningkatan mutu secara terus menerus dan berkesinambungan (Continuous Quality Improvement). Peningkatan mutu ini dilakukan dengan selalu menjaga terpeliharanya siklus pengelolaan pendidikan tinggi yang komprehensif dan sesuai dengan harapan stakeholders yang semakin dinamis dengan berbagai kriteria dan prasyarat yang ketat. Keadaan ini pada akhirnya memunculkan kesadaran akan pentingnya pengelolaan perguruan tinggi berbasis Ilmu Kedokteran untuk meningkatkan daya saing institusi terutama yang berorientasi pada “Customer Satisfaction” dengan berbagai dimensi mutu. Salah satu langkah strategis yang dilakukan untuk mewujudkannya adalah melalui pembentukan unit pelaksana teknis sistem penjaminan mutu akademik yaitu UJM.

Dalam menjalankan fungsinya sebagai pelaksana teknis, UJM bertindak sebagai “Management Representative” institusi dalam mengelola dan mengendalikan fungsi-fungsi sistem penjaminan mutu di seluruh unit/satuan kerja dalam lingkungan Universitas Pendidikan Ganesha.