Dalam rangka mewujudkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang baik melalui pembentukan Gugus di tingkat Fakultas maupun Program Studi, maka berdasarkan kebutuhan akreditasi dan pelaksanaan tugas yang lebih jelas dan terarah maka Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha) dan Fakultas Kedokteran menetapkan bahwa Gugus Penjaminan Mutu (GKM) terdiri dari GKM Fakultas dan GKM Program Studi. Selanjutnya GKM Fakultas dipimpin oleh seorang Ketua dan Sekretaris serta terdiri dari divisi-divisi sesuai dengan kebutuhan, di antaranya dapat berupa Divisi Eksplorasi Data, Divisi Pengembangan Dokumen, Divisi Monev, dan Divisi Akreditasi. Sedangkan GKM Program Studi dipimpin oleh seorang Ketua dan Sekretaris serta anggota-anggota.

Tugas pokok GKM Fakultas utamanya menjalankan SPMI berbasis PPEPP terhadap Standar Mutu Tri Dharma yang dikembangkan di Fakultas Kedokteran, melakukan evaluasi Renstra Fakultas dan Survey kepuasan ditingkat Fakultas, sedangkan GKM Program studi bertugas menjalankan SPMI berbasis PPEPP terhadap pelaksanaan pembelajaran (rencana pembelajaran, proses pembelajaran, dan penilaian pembelajaran).