Unit pendidikan kedokteran di Fakultas Kedokteran Undiksha disebut sebagai MEU, yang memiliki struktur organisasi yang ditetapkan melalui SK Dekan FK No. 17/UN48.24/KP/2018.

MEU bertugas dalam penyusunan, pelaksanaan, evaluasi dan pengembangan kurikulum di fakultas kedokteran Undiksha.

MEU FK Undiksha memiliki tiga divisi yaitu Divisi kurikulum, Divisi sumber dan proses pembelajaran dan divisi assesment yang bertanggung jawab terhadap pelaksanaan pembelajaran di fakultas kedokteran.