Prodi D3 Kebidanan FK Undiksha merupakan hasil merger dari Akademi Kebidanan Pemda TK I Bali pada Tanggal Tujuh Bulan Desember Tahun 2017 dan dikeluarkan Surat Keputusan Meteri Riset, Teknologi dan pendidikan Republik Indonesia Nomor 305/KPT/I/2018 tentang Izin Pembukaan Program Studi Kebidanan Program Diploma Tiga pada Universitas Pendidikan Ganesha di Kabupaten Buleleng . Pada awal marger dengan Undiksha Prodi D3 Kebidanan berada di bawah naungan Fakultas Olahraga dan Kesehatan (FOK) sampai Tahun 2020 dan telah melakukan akreditasi Tahun 2019 serta memperoleh peringkat B (Baik) dengan SK LAM- PTKes nomor 0022/ LAM-PTKes/Akr/Dip/I/2019 tentang status, nilai dan peringkat akreditasi Program Studi Diploma Tiga Kebidanan Universitas Pendidikan Ganesha .
Pada Tanggal Empat Bulan Januari Tahun 2021 Prodi D3 Kebidanan dialihkan di bawah naungan Fakultas Kedokteran sesuai dengan SK Rektor Nomor 41/UN48/PJ/2021
